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ctDNA高通量測序臨床實踐專家共識(2022版)

發布時間:2023-04-12 16:17 文章作者:云鴻科技 瀏覽次數:1407
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隨著液態活檢的快速發展,采用體液對患者的分子特征進行分析成為可能,特別是基于循環腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)的高通量測序(next generation sequencing,NGS)技術,因其無創或微創、檢測時間短、能夠反映瘤內和轉移灶異質性、可動態監測治療療效等優勢而在臨床得到越來越廣泛的應用。與腫瘤組織樣本相比,采用ctDNA進行基因檢測在樣本收集和處理、檢測技術要求、結果解讀和臨床應用等方面存在諸多不同,且目前國內尚缺少ctDNA基因檢測標準,因此限制了其在臨床上的規范應用。


為此,中國抗癌協會腫瘤標志專業委員會組織國內腫瘤臨床、病理、檢驗、生物信息分析和高通量檢測領域專家,參考國內外 ctDNA 臨床應用共識、指南和最新文獻,結合國內外現有的高通量測序技術要求和臨床實踐,從ctDNA的生物學特征、臨床應用價值和范圍、高通量檢測的標準要求及其未來發展趨勢等方面提出本共識,以促進ctDNA NGS的健康規范發展。

ctDNA概述

專家共識1

ctDNA是由腫瘤細胞主動分泌或腫瘤細胞在凋亡或壞死過程中釋放入循環系統的DNA片段;其豐度受多種因素影響,波動較大,在內外因素特別是治療壓力下,其攜帶的生物信息可能會發生演變,且受正常細胞胚系變異或克隆性造血細胞體系突變干

擾,在臨床檢測和報告解讀過程中應特別注意。

ctDNA NGS檢測的臨床應用

1、ctDNA NGS檢測在腫瘤伴隨診斷中的價值

專家共識2:目前已有臨床證據支持ctDNA NGS檢測可應用于肺癌、乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌等晚期實體腫瘤的伴隨診斷,但涉及的驅動基因及其變異類型與相應分析體系均有嚴格限定,若超適應癥應用時,建議與患者就檢測必要性、檢測費用以及局限性等內容進行充分知情。ctDNA NGS檢測已被國內外專家共識或指南建議作為多種晚期惡性腫瘤組織基因檢測的替代方式,但依據其分析結果實時制定臨床治療策略時仍需高級別循證證據支持。

2、ctDNA NGS檢測對腫瘤治療療效評估及預后風險分層的價值

專家共識3:晚期實體腫瘤分子靶向或免疫檢查點抑制劑治療開始后,基于NGS檢測的ctDNA水平定量和動態變化分析,有望成為新興的療效評估途徑。ctDNA MRD檢測是全新的個性化技術應用領域,尚難以建立通用性技術標準,亟待通過大樣本、多中心、前瞻性的臨床試驗驗證其臨床效用。ctDNA NGS檢測在臨床上用于靶向或免疫治療評估和分層時,建議就檢測價值、局限性和費用等進行充分知情。

3、ctDNA NGS檢測用于腫瘤獲得性耐藥機制分析的價值

專家共識4:在臨床環境中,ctDNA NGS檢測可用于識別分子靶向治療的耐藥機制,尤其對于疑難復雜的腫瘤患者,該結果有助于后續的治療選擇決策。免疫檢查點抑制劑治療獲得性耐藥機制復雜,治療選擇壓力下的腫瘤亞克隆演進僅為其部分原因,ctDNA靶向測序、全外顯子和(或)全基因組檢測僅作為其轉化研究工具之一。

ctDNA NGS檢測的標準

專家共識5

ctDNA NGS檢測實驗室質量管理需貫穿全程,ctDNA收集、樣本處理和自動化過程應按照標準化和臨床驗證程序進行,最大程度防范因操作差異而引發的假陰性可能。樣本采集建議采用含細胞穩定劑的抗凝管,盡快完成血漿分離,提取的cfDNA建議在24 h內進行后續檢測,否則,置于-30 ℃至-15 ℃下儲存并避免反復凍融。

專家共識6

ctDNA NGS檢測應根據項目需求選擇技術路線,可依據檢測基因數量及覆蓋范圍大小選擇不同測序策略。在進行基于ctDNA的超高靈敏度突變檢測時,建議使用分子標簽技術和優化對應的生物信息分析設置,以降低由于測序平臺隨機誤差導致的假陽性結果;建議通過建立測序噪音和克隆性造血背景庫的方法降低克隆性造血及背景噪音帶來的影響。

專家共識7

ctDNA NGS臨床檢測報告應包含受檢者基本信息、樣本信息、實驗室信息、檢測項目、檢測結果及變異解讀、檢測方法的實驗室內部驗證結果、檢測局限性及不確定性以及進一步檢測的建議等內容。實驗室應建立報告SOP,建議根據國內外文獻、共識指南、臨床試驗證據和實踐對檢出的腫瘤基因突變進行分類或分級報告。

ctDNA NGS檢測臨床應用展望

基于ctDNA NGS檢測的bTMB具有免疫檢查點抑制劑療效預測價值,但仍有諸多因素影響bTMB檢測在臨床中的應用,未來還需開展更多的前瞻性臨床研究。機器學習等人工智能算法不僅能降低假陽性、提高靈敏度,還能有效整合多維度的異質信息進行全面分析,大幅提高ctDNA數據效力,是ctDNA數據分析的主要方向。

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